Тункинская долина является продолжением байкальской впадины и считается одной из природных жемчужин Бурятии. Она входит в природный парк «Тункинский», образованный в 1991 году.

Территория парка также включает Окино-Саянскую горнотаежногольцовую и Хамар-Дабанскую горнотаежнокотловинную зоны Южно-Сибирской горной области.